پس از مرگ ابراهیم رئیسی و همراهانش در سانحه‌ای هوایی، «شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران» روز سه‌شنبه اول خرداد، با انتشار بیانیه‌ای، از دوران ریاست جمهوری‌ او به عنوان «سیاه‌ترین لکه‌های آسمان وزارت آموزش و پرورش» یاد کرد.

در بیانیه این تشکل صنفی سراسری معلمان ایران با اشاره به کارنامه فعالیت‌های ابراهیم رئیسی در دهه‌های گذشته، آمده: «آموزش و پرورش در دوران ریاست جمهوری رئیسی، بحرانی‌ترین وضعیت خود را در سال‌های بعد از انقلاب می‌گذراند. مسمومیت‌سازی مدارس دختران، حمله‌ی نیروهای نظامی و امنیتی به مدارس، ضرب و شتم و کشته شدن بیش از ۸۰ دانش‌آموزان و دو معلم، بازداشت و زندانی کردن کودکان دانش‌آموز از سیاه‌ترین لکه‌های آسمان وزارت آموزش و پرورش در دوران ریاست جمهوری رئیسی بود.»

این شورا از «برخوردهای امنیتی از جمله زندان، اخراج و بازنشستگی اجباری معلمان، روش استخدام معلمان تازه با جذب سه هزار طلبه، کمبود شدید معلم در هفته‌های نخستین سال‌تحصیلی، و نرسیدن کتاب‌های درسی برخی پایه‌ها تا یک ماهه اول» به عنوان دیگر «نشانه‌های ناکارآمدی آموزش و پرورش در دولت سیزدهم» یاد کرده است.

در ارتباط با برخوردهای امنیتی و قضایی با معلمان و فعالان صنفی معلمان در دوره ریاست جمهوری ابراهیم رئیسی می‌توان به بازداشت حدود ۲۰۰ تن پس از اردیبهشت ۱۴۰۱ اشاره کرد. در حال حاضر نیز شماری از معلمان و فعالان صنفی معلمان مانند رسول بداقی، هاشم خواستار، اصغر امیرزادگان، امان جلالی نژاد، امیر اسماعیلی، طاهر اصغرپور، محمود ملاکی، احمد علیزاده، زینب همرنگ، جواد لعل محمدی، فاطمه تدریسی، ناهید شیرپیشه، سیوان ابراهیمی، نجات انور ابراهیمی، سوما محمدپور، اشکان فهیم، و عزیز قاسم زاده به اتهام‌های امنیتی در بازداشت هستند و یا در حال گذراندن محکومیت خود هستند.

شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران با اعلام این‌که «همواره مخالف سیاست‌های ضدآموزشی و ضدمردمی بوده و در کنار سایر دادخواهان همواره خواهان محاکمه‌ آمران و عاملان قتل و کشتار مردم در قیام‌ها از جمله دادخواه دانش‌آموزان و معلمان است» نوشت که «ضمن محکومیت کودک‌کشی در هر جای جهان، امیدوار است کسانی که در کودک‌کشی به ویژه در ایران دستی داشته‌اند، در دادگاهی مردمی و عادلانه به سزای اعمال خود برسند.»

مرگ رئیسی و هیات همراهان او شامل وزیر خارجه جمهوری اسلامی و امام جمعه تبریز در سانحه هوایی روز یکشنبه ۳۰اردیبهشت۱۴۰۳، با ابراز شادمانی بسیاری از ایرانیان همراه بود. این واکنش‌ها آنقدر زیاد بود که با تهدید مقامات جمهوری اسلامی مواجه شد. دادستان کشور خواهان برخورد با این افراد شد و پلیس فتا از تشکیل پرونده برای ۸۰ تارنما در زمینه انتشار مصادیق توهین‌آمیز خبر داد.